La plupart possèdent un chakra bleu qu'ils savent utiliser afin de réaliser des ninjutsu.Tous les ninjas ne disposent pa de la même réserve de chakra, et une fois cette réserve utilisée, il faut du repos pour la renouvellée.
Le Chakra Vert :
Certains ninjas possèdent aussi un chakra vert, qui bien utiliser permet de guérir.Certaines personnes comme Tsunade ou son assistante Shizune sont passées maîtres dans l'art d'utiliser le chakra vert, et sont donc devenues des guérisseuses expérimentées.Tandis que d'autre comme Kabuto, s'en servent pour infliger des blessures internes a leur ennemis.
Le Chakra Rouge :
C'est le chakra de Kyuubi ,le démon-renard a neuf queues. Lorsque Naruto parvient a le maîtriser ou que le démon prend le dessus, on peut le voir a l'oeil nu. Personne ne connait les limites de la puissance de ce chakra.
Le Chakra Violet :
Seul les personnes qui ont reçues la marque d'Orochimaru le possèdent. Lorqu'il est utiliser, des marques noires se répandent sur le corps de l'utilisateur. Si une personne utilise trop ce chakra, elle devient l'esclave d'Orochimaru.